O sistema operacional GNU/Linux é um sistema livre, e sendo assim, pode-se alterar desde um tema de ícones até a linha de código do gerenciador de arquivos. Customizabilidade é o que não falta.

E assim como o número de distribuições Linux, e a dificuldade que o usuário iniciante tem para escolher uma, existem vários ambientes de trabalho disponíveis para o usuário utilizar.
Se você acha que o Linux é apenas uma tela preta com um monte de letrinhas verdes subindo, é melhor rever seus conceitos.

KDE

KDE

O KDE, ou K Desktop Environment ( Ambiente de trabalho K ), é um dos ambientes mais populares do Linux. Conhecido pela sua beleza, é muito fácil de ser personalizado e graças ao Kwin possui efeitos no desktop, como transparências e transições de janelas.

O KDE possui uma barra de ferramentas inferior muito similar ao do Windows, o que acaba facilitando para muitos usuários a transição entre uma interface e a outra. Essa semelhança inclusive foi comentada no lançamento do Windows 7, que foi na época chamado de cópia do KDE.

Escrito em C++, utilizando a biblioteca QT, e atualmente na versão 4.6, o KDE é o ambiente padrão de algumas distribuições como o Kubuntu e o Sabayon, mas pode ser facilmente instalado a partir de qualquer outra. Pode também ser executado no Windows e no Mac OS X.
Site oficial do KDE.

GNOME

GNOME

O Gnome é outro popular ambiente de trabalho do Linux, sendo o padrão nas distribuições Ubuntu, Fedora, Linux Mint e outras.
De modo diferente do KDE, o Gnome funciona apenas nos sistemas baseados no Unix, como o GNU/Linux e o Solaris.

Escrito na Linguagem C, utilizando a biblioteca GTK, tem como ideais a acessibilidade, usabilidade e a internacionalização. É tido como o mais leve e é curiosamente adotado em sua maioria pelo iniciantes que migram do Windows apesar de não haver nenhuma semelhança entre ambas interfaces.

A maioria do usuários considera o ambiente Gnome padrão feio, e por esse motivo, a grande maioria das distribuições que o adotam como ambiente padrão, o apresentam de forma totalmente customizada.
SIte oficial do Gnome

LXDE e XFCE

LXDE

O LXDE e o XFCE são dois ambiente recomendados para computaodores mais antigos, sendo o primeiro o mais leve dos dois.
Ambos prezam pela leveza mas sem deixar de lado a robustez presente em um ambiente de trabalho, trazendo consigo várias aplicações para serem utilizadas, da mesma forma que o Gnome e o KDE.

São escritos em GTK e podem ser instalados em diversas distribuições como o Arch Linux, Debian, Slackware, Ubuntu, Gentoo e muitas outras.

Site oficial do LXDE
Site oficial do XFCE